Auch mal danach noch mal Zündung aus für ein paar Sekunden und neuen Versuch gestartet?
Vielleicht sporadisch ja trotzdem nicht sauber initialisiert/gebootet und hängt in einem undefinierten Zustand bzw. meldet sich nicht!
--> Dann bleibt ja nur der Serienzustand 
Mal beim Anbieter/Hersteller darauf hinweisen und/oder evtl. mal ein anderes Modul bei Dir im Wagen probieren.
Vielleicht wohnt ja der eine oder andere Modul-Besitzer nicht zu weit weg von Dir.
NACHTRAG:
Evtl. Verkabelung nochmal prüfen, Wackelkontakt oder so in Stromversorgung wäre auch eine Möglichkeit, das das Ding sich nicht meldet.
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Das war bisher eine einmalige Sache, danach schon wieder mehrfach das Dach problemlos betätigt.
Ich öffne/schließe mein Dach auf Empfehlung meines fMH überwiegend mit laufendem Motor, das war auch hier der Fall.
Man kann an der Verkabelung eigentlich nichts falsch machen. Bei der Montage zieht man am Steuergerät 2 Multistecker ab und "plug and play" wird das Modul mit den gleichen Multisteckern am Steuergerät und der abgezogenen Verkabelung angeschlossen/zwischengeschaltet. Die Stecker rasten auch schön ein, so wie man es von den orig. Mazda Stecker gewohnt ist. Hierüber läuft auch die Stromversorgung, es ist keine individuelle Bastellösung zur Stromversorgung notwendig.
Wenn es mit der Verkabelung/Wackelkontakt ein Problem geben würde, dann hätte man ein ganz anderes Problem mit dem Auto, weil ja viel Autosteuerung über dieses Steuergerät/Verkabelung läuft. (je nachdem, vieviel Steuergerätte der MX-5 hat)