Bleche oder Verkleidungen, die frei schwingen können, verursachen natürlich eine gewisse Resonanz. Diese Resonanz kann positiv, als auch negativ empfunden werden. Es gibt einige hier, die nach der Montage einer anderen Auspuffanlage bei einer bestimmten Drehzahl ein Dröhnen im Auto hören. Es wird versucht dieses Dröhnen durch Auskleidung der Kofferraummulde und Teile des Kofferraums mit Alubytol in den Griff zu bekommen. Meiner Meinung nach funktioniert es, wenn man es gründlich macht. Klingt dann so, als wenn du den Kofferraum voll Gepäck, Taschen, Jacken usw. hast. Dann hast du Kofferraum nicht mehr als Resonanzkörper.
Am eigentlichen Auspuff Sound ändert das nichts, im Gegenteil, der wird klarer, ohne "störende" Resonanzen.
Wenn du den Innenraum wirklich leiser haben willst, dann musst du so vorgehen, wie das hier Ceen gemacht und beschrieben hat. In seiner Signatur kannst du verlinkte Bilder sehen.
Die Türen dämmen ist dann auf jeden Fall dann ein Muss.
Die Haupt Lautstärke im Innenraum kommt aber über das Verdeck und das kannst du nicht dämmen.
Aber noch mal zu deiner Frage, dem Auspuff Sound tut es keinen Abbruch, wenn du den Kofferraum/Mulde dämmst. 
LG Olli