Klimaanlagenwartung mach doch nur dann Sinn, wenn Kühlmittel sich verflüchtigt. Hat oder lässt die Kühlleistung bei deinem nach? Wenn nicht, dann würde ich das System nicht öffnen lassen. Kommt auch drauf an, welches Kühlmittel du hast: R1234yf - schweineteuer - da fast Monopolstellung von DuPont - oder R134A - dann kostet das Kilo nicht die Welt.
Desinfektion ist dagegen keine schlechte Idee, die würde ich aber nicht bei einem Händler machen lassen - da gibt es freie Dienste, die das günstiger machen. Letztendlich wird im einfachen Fall nur eine Dose mit Desinfektionsmittel in den Fußraum gestellt, das Auto verschlossen und die Klima laufen gelassen. Im Optimalfall wird Desinfektionsmittel auch auf den Wärmetauscher oder Verdampfer (?) gegeben und dort die Brut abgetötet. Aber ich habe keine Ahnung ob die Aggregate beim MX-5 gut zugänglich sind.