Hier spielen einfach mehrere Punkte zusammen, das macht es so unübersichtlich.
Viele Getriebe brauchen tatsächlich lange, bis sie sich richtig eingespielt haben. Die Schaltbarkeit wird mit der Zeit immer besser => Normal.
Der Schalthebel bewegt sich, die Geräusche sind lauter als bei Fronttrieblern, wo das Getriebe weit vorn hinter einer gut gedämmten Spritzwand steckt. => Normal.
Das Auto macht Geräusche, beim Beschleunigen wie auch im Schubbetrieb, die dem Getriebe zugerechnet werden, aber in Wirklichkeit z.B. von Hitzeschutzblechen oder vom Differential verursacht werden. => Normal.
Getriebe können trotzdem ungewöhnliche Geräusche machen. Das kann ein Mangel für sich und/oder ein Hinweis auf einen sich andeutenden Schaden sein. => Mazda tauscht.
Nicht alle "alten" Getriebe gehen kaputt, manche halten vielleicht auch ruppigen Betrieb aus. => Das kann auf schwankende Materialqualität hinweisen, muss es aber nicht zwingend.
Es gab offensichtlich zwei konstruktive Änderungen am Getriebe. Das in Zweifel zu ziehen bleibt natürlich jedem überlassen, ignoriert aber die Wirklichkeit. => Entweder um schwankende Materialqualität auszugleichen oder um eine von Anfang an unzureichende Auslegung zu korrigieren.
Auch wenn ein Getriebe getauscht wird, heißt das nicht automatisch, dass es gegen eines der neuesten Revision getauscht wird. Auf der ganzen Welt gibt es Lagerbestände von Getrieben, die meistens nicht kaputtgehen. => Normal.
Noch ein Nachtrag zu dem, was @MX505 zur Belastbarkeit geschrieben hat: Die Drehmomententwicklung eines Motirs ist nicht zwangsläufig in allen Gängen gleich. Das liegt nicht am Motor, sondern an seinem Steuergerät. Wer hier durch Chiptuning eingreift, erhöht potenziell das Risiko, wer weiß schon, was der Chiptuner genau geändert hat.