Für die Vermessung wird soweit ich das weiß an der Felge angesetzt. Reifen, aber auch Felgendimensionen, spielen da erst mal keine Rolle, wenn einfach bestimmte Werte für Vorspur, Sturz und Nachlaufwinkel eingestellt werden sollen. Was genau "nach Vorgaben von Mazda" heißt, ist etwas nebulös, denn Mazda erlaubt für alle Werte relativ große Toleranzen. Groß insbesondere im Hinblick darauf, welche Änderungen sich im Fahrverhalten ergeben.
Alle radführenden Träger (also die Dreieckslenker vorne und die einzelnen Elemente der Mehrlenkerachse hinten) sind (natürlich) nicht fest mit der Karosserie verschraubt (dann könnte sich das Rad ja nicht auf und ab bewegen), sondern in Buchsen gelagert. Das ist in der Regel eine Stahlhülse, die mit Gummi ummantelt ist. Da wird die entsprechende Schraube durchgesteckt und auf der anderen Seite per Mutter verschraubt. Diese Buchsen lassen, wenn die Mutter mit dem richtigen Drehmoment angezogen ist, nur noch eine eingeschränkte Bewegung rund um die Position zu, in der sie festgeschraubt wurden.
Wenn man die Schrauben bei angehobenem Fahrzeug, also komplett ausgefedert, anzieht, verwinden sich die Buchsen in eine Richtung und das Gummi geht eher über kurz als über lang kaputt. Stattdessen sollten die Schrauben zunächst nicht ganz festgezogen und erst dann mit dem vorgeschriebenen Drehmoment angezogen werden, wenn das Auto wieder auf den Rädern steht. Dann verwinden sich die Buchsen beim Ein- und Ausfedern um ihre neutrale Mittellage.
Achtung! Alles nur angelesene Weisheit, ich hab das alles noch nie selbst gemacht!