MAD-Ric das Problem, dass Du mit Deinem Getriebe hast ist bekannt und betrifft vor allem das MY23.
Bei Dir hat sich anscheinend (mind.) 1 von 2 von Anfang an fehlerhaften Synchronringen des 3./4. Gang nun endgültig verabschiedet. Auch wenn die Laufleistung noch gering ist, das Teil sollte schlichtweg schon komplett verschlissen sein.
Die Getriebe werden nicht repariert, sondern komplett getauscht. Sollte Dir ein Händler etwas anderes erzählen… nicht auf Diskussionen einlassen und direkt zum nächsten gehen.
Zeitnah in Angriff nehmen… die Getriebe hatten zeitweise gehörig Lieferzeit wegen der hohen Nachfrage. Wenn der MX-5 irgendwann mal gar nicht mehr fahrbereit sein sollte und Du dann noch längere Zeit auf ein Getriebe warten müsstest, könnte sonst die Ersatzwagen-Frage noch knifflig werden 
Runterschalten in den 3. Gang ab jetzt tunlichst vermeiden, damit Du nicht vom zunehmenden Verschleißabrieb des sich „auflösenden“ Synchronrings irgendwann komplett Getriebesalat hast.
Bei mir fing es auch erst mit dem Runterschalten vom 4. Gang in den 3. an. Dann konnte ich im Verlauf irgendwann auch nur noch bei niedrigeren Drehzahlen hoch in den 3. Gang schalten ohne das es krachte, kurze Zeit später kam ich aus dem 3. heraus in den 2. Gang auch nur noch mit Nachdruck bei niedrigen Drehzahlen. Bin dann noch rund 2 Wochen komplett ohne 3. Gang gefahren, bevor er dann endgültig auf dem Hof vom Händler gelandet ist.
) bin ich dieses Mal gerne wieder dabei 