Wenn Du das schleifende Geräusch meinst. Das werden wohl die Synchronringe sein. Je nach Belastung und Schaltverhalten des Fahrers ist das deutlich hörbar und variabel.
Beim mx-5 sitzt das Getriebe direkt im Mitteltunnel, der Schaltknauf ist ohne Umlenkung mit der Schaltung verbunden. Durch diese Position und die konstruktionsbedingte geringe Geräuschdämmung zum Fahrere hört man "normale" Getriebegeräusche deutlich besser wie in anderen Fahrzeugen.
P.S.:
Eine gelegentliche leichte Hakeligkeit empfinde ich nicht als schlimm. Das habe ich auch bei anderen Autos erlebt. Jedoch durch nicht so gut geeignetes Getriebeöl kann es vorkommen das nach dem Anfahren bei kaltem Motor/Getriebe bereits ab Temperaturen unter ca. 14 °C der zweite Gang erst im zweiten/dritten Versuch ohne Gewalt eingelegt werden kann. Mit dem richtigen Öl z.B. Mazda IS Getriebeöl oder besser passiert das nicht.