@Joshude ich kann Dir lediglich mitgeben, was ich (aufgrund meines laienhaften Grundwissen im Kopfhörer-Bereich) unternehmen würde...
Grundsätzlich glaube ich nicht, dass Deine JBL irgendeinen Defekt aufweisen. Ein Fehler im Ausgangs-/Eingangsbereich der PAU ist denkbar. Allerdings ist auch ein „Fehler“ durch mangelnde Kompatibilität zwischen JBL-LS und Bose-PAU möglich.
Das Thema „Rauschen“ kommt im Kopfhörer-Bereich einiger Audio-Foren auch immer wieder hoch. Dort gibt es aber auch große Unterschiede in der Impedanz zwischen den niederohmigen und hochohmigen Modellen, Verstärkerleistung und Wirkungsgrad, etc. spielen hier eine große Rolle.
Die Bose-Systeme sind grundsätzlich sehr niederohmig ausgelegt, was klangtechnisch Vorteile und aber auch Nachteile mit sich bringt.
Die höherohmigen JBL-LS werden durch den höheren Widerstand mit einer niedrigeren Stromspannung versorgt, was bekannterweise in einer geringeren Lautstärke resultiert. Dies kann durch einen höheren Wirkungsgrad teilweise kompensiert werden, allerdings gibt es weitere Probleme. Technisch gesehen werden Spulen, Kondensatoren, etc. mit zu wenig Strom versorgt und das auch nicht konstant gleich über das komplette Frequenzband. Das bedeutet, das eine LS-Weiche nicht mehr so arbeiten kann wie sie es eigentlich soll. Ob das jetzt hörbare Auswirkungen durch Rauschen, Verzerrungen, Filter ausmacht ist sehr individuell zu beurteilen.
Ich würde als erstes an einer Tür an die LS ran gehen. Man kann das Audiosignal vor den LS gut über eine Soundkarte messen. Interessant ist, ob sich das Rauschen in Frequenz und Lautstärke verändert ja nach Eingang, Zündung an/aus, Drehzahl, etc.
Leider hast Du Deine Bose nicht mehr parat, das wäre natürlich der erste Schritt gewesen zur Beurteilung. Alternativ würde ich mal das Vollsignal vor den LS abgreifen und dieses dann ohne Weiche an den HT schalten. Gehen die JBL-HT signaltechnisch über den TMT 
, also LS-Kabel an TMT und von da aus in Weiche und HT. Manchmal ist das so. Wenn der HT also das Vollsignal des Bose-Amp ohne Weiche abkriegt, rauscht es dann immer noch? Wenn nicht, tippe ich auf mangelnde Kompatibilität wegen der Impedanzunterschiede...
