Das Stoffverdeck knarzt und knackt wie verrückt, gibts da bekannte Ursachen? Brauch das eine Einfahrtzeit oder ab zum FMH?
Im offenen oder geschlossenen Zustand? Immer oder nur manchmal? In welchen Situationen? Von wo kommen die Geräusche.
Eigentlich sollte es keinen Lärm machen. Meines klappert nur manchmal, wenn es offen im Verdeckkasten liegt.
Der erste und der zweite Gang gehen manchmal hakelig rein (kannte ich wohl auch vom NC...)
Kenne ich so leider auch seit Tag 1. Falls schon einmal das Getriebeöl gewechselt wurde (gehe ich bei einem '24er aber nicht davon aus), könnte natürlich das falsche Öl drin sein. Bei der Werksfüllung wird es daran aber nicht liegen. Manch einer hat daran gefühlt was ändern können. Ich aber weder mit Originalöl noch mit Ravenolöl nicht. Die Qualität variiert da scheinbar. Manche Foristen haben überhaupt kein Problem damit. Sobald das Getriebe warm ist, sollte es aber nicht mehr hakeln. Dass der 2. im Vergleich zu 3.-6. etwas schwerer reingeht, kann aber bleiben.
Lohnt sich die MyMazda Android App?
Meiner Meinung nach nicht. Man kann nicht wirklich etwas machen, außer sich die Servicebelege anzuschauen - das kann man sich aber auch direkt (evtl. sogar gedruckt) von der Werkstatt geben lassen. Dann kommt's in den großen Ordner, der am Ende mit dem Fahrzeug verkauft wird. Das macht mehr her (zumindest aus meiner Erfahrung) als "das steht in meiner App". 
Gibt es Ideen um die rechten und linken Seitenmulden im Kofferraum zu nutzen?
Ja. Es gibt Taschen für den Urlaub, die den Kofferraum recht gut ausfüllen. Links habe ich einen Plastikblumenkübel mit dem dort vorhandenen Gurt festgeclipst, in dem loses Zeug Platz findet. 
Wenn Du Dir den letzten Kick Stauraum geben willst: Schamlose Eigenwerbung [Link].